Henrique Fernandes é licenciado em de Instrumento – Flauta Transversal – pela Escola Superior de Música e das Artes do Espetáculo, na classe de Eduardo Lucena, e licenciado em Ciências Psicológicas pela Faculdade de Psicologia e Ciências da Educação da Universidade do Porto.

Participou em vários cursos e classes de aperfeiçoamento, em Portugal, Espanha e França, com os professores Auréle Nicolet, Patrick Gallois, Vicens Prats, Vicent Lucas, William Bennett, Jorge Caryevschi, Jaques Zoon, Clare Southworth, entre outros.

Apresentou-se como solista com a Orquestra de Sopros da Escola Profissional de Viana do Castelo, Orquestra Nacional de Sopros dos Templários, Orquestra Sinfónica da Póvoa do Varzim e Orquestra Con Spirito.

Tem vindo a realizar vários concertos com diversas orquestras: Orquestra Clássica do Porto, Orquestra Nacional do Porto, Remix – Ensemble Casa da Música, Banda Sinfónica Portuguesa, Orquestra Nacional de Sopros dos Templários, Associação Norte Cultural – Orquestra do Norte, Orquestra Sinfónica da Póvoa do Varzim, Sinfonieta, Orquestra do Salão Jardim do Coliseu do Porto, Orquestra da Federação Académica do Porto, Ensemble FAM, Orquestra Musicare, Orquestra de Câmara do Minho e Orquestra Con Spirito. Nestas orquestras, teve oportunidade de trabalhar com maestros como Michael Zilm, Marc Tardue, Omri Hadari, Robert Houlian, António Saiote, entre outros.

É professor na Escola Profissional Artística do Alto Minho e na Academia de Música de Viana do Castelo, onde é membro da Direção Pedagógica e Coordenador do Departamento de Sopros.

Foi bolseiro da Fundação Calouste Gulbenkian de 1990 a 1996.