Rui Lopes iniciou os estudos de Fagote na ARTAVE, mas apesar de o ter feito com 18 anos, rapidamente o seu forte temperamento musical e o seu virtuosismo foram reconhecidos pela crítica. Estudou com Hugues Kesteman, Sergio Azzolini e Marco Postinghel.

Rui Lopes tocou Primeiro Fagote em Orquestras como a Orchestre de Paris, Camerata Bern, Zürcher Kammerorchester, Kammerorchester Basel, Ensemble Modern Orchestra, trabalhando com personalidades como Maurizio Polini, Christoph Eschenbach, Jirí Belohlávek, Sakari Oramo, Esa-Pekka Salonen e Pierre Boulez.

Gravou um CD a solo para a DRS2, Rádio Clássica Suíça, e apresentou-se como solista com as Orquestras do Algarve, Sinfónica Portuguesa, da Ópera Nacional Finlandesa, Sinfónica de Zurique, Sinfónica de Basel, de Câmara Kremlin, de Câmara Checa, entre outras. Foi Primeiro Fagote Solo da Ópera Nacional Finlandesa (2002-2004) e posteriormente Fagote Solista do Ensemble Nacional Espanhol de Música Contemporânea em Madrid (2005-2006).

Premiado em várias ocasiões, entre elas o 1º prémio no Concurso de Interpretação do Estoril 2008, Rui Lopes participa habitualmente em Festivais de Música como os de Schleswig-Holstein, Alemanha; Bohuslav Martinu, República Checa; Crusell, Finlândia; Sonoro, Roménia e Davos e Lucerna, Suíça, tocando com Trio Tecchler, Quarteto Casal, Konstantin Lifschitz, Patricia Kopatchinskaja, Alina Pogostkina, Nabil Shehata, Marcelo Nisinman, Juliette Hurel, Nicholas Daniel, Sebastian Manz, Paolo Beltramini e Dimitri Ashkenazy.

Entre 2006-2010 leccionou Fagote e Música de Câmara na Universidade de Aveiro e actualmente é docente na Metropolitana (ANSO).

É membro do Trio Almaviva, do Lucern Wind Ensemble e do Ensemble Laboratorium (grupo apadrinhado por Pierre Boulez).